16 век
3 марта 1501 года в Вильно, а 21 июля в Цесисе был подписан договор о союзе между Ливонским орденом (магистр Валтер фон Плеттенберг) и Литвой (литовский князь Александр Казимирович) сроком на 10 лет.
В августе 1501 года, согласно договору, орденские войска вторглись на территорию России, и даже разбили 4 000-е русское войско, но развить успех не смогли. Эпидемия дизентерии вынудило вернуться обратно. Осень 1501 года русские и татары вторгаются в Ливонию. Они дошли до Вендена, но взять его не смогли. Отступая, они взяли в плен 40 000 жителей Видземе.
В августе 1502 года магистр ордена Валтер фон Плеттенберг с войсками начал крупное наступление на Псков. В бою под Псковом немцы потерпели поражение и отступили. 13 сентября у озера Смолино русские войска их нагнали и взяли их военный лагерь (по другим орден данным нанёс поражение русским). В марте 1503 года в Москве был заключён мирный договор между Россией и Литвой, а летом между Россией и Ливонией. Договор продлевался много раз. Годы правления Валтера фон Плеттенберга (1494-1535) считаются „золотым веком” Ливонии.
Смертельный удар ордену нанёс не враг, а Реформация.
К началу 16 столетия в Европе наблюдается расцвет торговли и ремесленного производства, происходит процесс зарождения буржуазии, недовольной как феодальными порядками, так и защищающей их католической церковью. Всё это приводит к тому, что складываются благоприятные условия для движения, направленного на реформу церкви.
Реформационное движение началось в Германии с выступления 31 октября 1517 года Мартиня Лютера, в котором он вопреки учению католической церкви, пытался доказать, что человек и его светская жизнь не должны рассматриваться как греховные в своей основе, Лютер также провозгласил, что церковь и духовенство не являются посредниками между Богом и человеком. Особенно резко М.Лютер выступил против торговли отпущением грехов, или индульгенциями. Он считал, что человек достигает „спасения” не через церковь и её обряды, а при помощи веры. А это являлось уже посягательством на стремление духовенства к господствующему положению в обществе. Данное выступление послужило сигналом к началу мощного реформационного движения не только в Германии, но и в ряде других стран Европы.
В Ливонии первые проповедники лютеранской церкви появились в начале 20-х годов XVI века. В 1521 году в церкви Петра идеи лютеранства стал проповедовать Андрей Кнопкен. А годом позже в церкви Екаба – Сильвестр Тагетмейер. Оба они были приверженцами умеренного направления в реформационном движении, высказывавшими недовольство чрезмерной роскошью католических храмов, слишком активным вмешательством духовных лиц в светские дела. Проповедь лютеранства быстро нашла отклик среди многих рижан. Поддержал лютеранство и рижский магистрат. Новое учение было положительно воспринято и некоторой частью помещиков, недовольных властью архиепископа и епископов.
Первые попытки католической церкви предотвратить Реформацию оказались безрезультативными. Поначалу движение развивалось мирно, и открытых столкновений между сторонниками лютеранства и католицизма не было. В известной степени заслуга в этом принадлежит магистру ордена Валтеру Плеттенбергу, который, не симпатизируя идеям Реформации, в то же время считал, что открытое выступление против её сторонников может привести к гражданской войне.
Однако в 1524 году события, особенно в Риге, приняли угрожающий характер. Немалую роль в этом сыграло прибытие в Ригу Мельхиора Гофмана – сторонника радикального направления. Поводом для волнений в Риге послужил слух, что монахи одного из рижских монастырей обратились к папе объявить проклятие городу. Эта весть привела горожан в сильное возбуждение. Они стали объединяться в группы, врываться в церкви и устраивать там погромы. Подобные события имели место и в других городах Ливонии. Поэтому состоявшийся в 1525 году в Валмиере ландтаг высказался за ограничение реформационного движения. М.Гофман и другие радикальные проповедники Реформации были изгнаны из Ливонии.
Однако вскоре положение изменилось. К середине 16 века большинство немецких феодалов отказались от католичества, и перешло в лютеранство, заодно обратив в новую веру и своих крестьян.
Однако лютеранская церковь, так как и католическая, оставались чужой для латышей. Но реформация всё же принесла определённые позитивные изменения в жизнь латышей. Если в католической церкви богослужение велось на непонятном латинском языке, то в лютеранской церкви оно могло вестись на родном языке прихожан. Правда в Ливонии церковная служба проводилась на немецком языке, чуждом для большей части коренного населения. Но со временем отдельные немецкие пасторы, стремясь сильнее привязать к себе свою паству, стали осваивать латышский язык.
Принятие лютеранства в целом благоприятно сказалось на развитии культуры латышей. В частности, в связи с Реформацией были заложены основы латышской письменности, так молитвы надо было не только перевести на латышский язык, но и записать их. В этой области много было сделано пастором Николаем Раммом.
Таким образом, к середине 16 столетия в Ливонии победила Реформация, усилила власть феодалов, но ослабила и так уже слабые ливонские государства.
К середине 16 века орден перестал быть могущей силой удерживающей единство Ливонии. В 1554 году пришло время продлить мирный договор с Россией. Магистр ордена и Дерптский епископ отправили своих послов на переговоры, но ожидаемая договорённость так и не была достигнута. Послы неожиданно наткнулись на требование русского царя уплатить дань (”юрьева дань)” за город Дерпт (русский царь Дерптское епископство считал своим со времён похода Ярослава Мудрова) за всё это время и на выполнение своего требования дал срок 3 года. В 1557 году переговоры опять возобновились, на этот раз русский царь согласился понизить дань до 40 тысяч талеров. Но если эти требования и на сей раз не будут выполнены в течение года, то царь грозился Ливонии войной.
В 1557 году, в Посвале, пограничном местечке Литвы, были заключены три договора. Для последующего развития событий особенно важное значение имел третий Посвальский договор, подписаний 15 сентября. Этим договором был заключён военный союз между Литвой и Ливонией, направленный против Русского государства.
Третий Посвальский договор противоречил договорам, заключенным между Ливонией и Русским государством ещё в 1501 году, и многократно продлевавшемуся, где обе стороны обязались не заключать военных союзов с Польшей, Литвой и Швецией.
Когда в Москве стало известно содержание Посвальского договора, Иван IV решил начать активные действия против Ливонии. Активные действия было необходимы, чтобы не дать Литве и Польши укрепиться в Ливонии.
17 января 1558 года, русские войска численностью 40 000 человек, под командованием хана Шиг-Алея (Шах-Али), воевод Глинского и Захарьина-Юрьева, одновременно в трёх местах перешли границу Ливонии. Главные силы направились в Дерптское епископство, другие отряды направились в Нарвскую, Резекненскую, Вилякскую и Алуксненскую области. Проходя обширные территории и разрушая укреплённые гнёзда немецких дворян, русские отряды нигде не встречали серьёзного сопротивления. Вернувшись обратно в марте того же года, русские военноначальники доложили Ивану 4, что Ливония к войне не готова.
Вторжение русских войск вызвало всеобщее смятение в Ливонии. Валмиерский ландтаг долго обсуждал создавшееся положение и, в конце концов, решил откупиться от гнева русского царя. С большими трудностями удалось собрать 60 тысяч талеров для уплаты тартуских долгов. В Москву были отправлены послы для уплаты собранной суммы и заключению мирного договора. Переговоры окончились неудачно. Иван IV отказался от предложенной суммы и воспользовался задолжностью, как предлогом для начала открытой борьбы за выход к Балтийскому морю.
Ливонские послы находились ещё в Москве, когда орденские войска в Нарве предательски нарушили перемирие, заключённое до конца апреля, и начали обстрел Ивангорода. Русские ответили сильным артиллерийским огнём и двинулись в наступление на Нарву. Орденские войска с помощью военных наёмников – ландскнехтов – пытались удержать Нарву в своих руках, но их усилия были напрасны. 11 мая 1558 года русские полки заняли Нарву. Иван Грозный получил важный торговый порт у Балтийского моря.
Особым упорством отличалась оборона крепости Нейгаузен. Ее защищало несколько сот воинов во главе с рыцарем фон Паденормом, которые почти месяц отражали натиск воеводы Петра Шуйского. 30 июня 1558 года после разрушения русской артиллерией крепостных стен и башен, немцы сдались. В знак уважения к их мужеству Пётр Шуйский позволил защитникам выйти с крепости с честью.
В июле П.Шуйский осадил Дерпт. Город защищал гарнизон из 2 000 человек под командованием епископа Вейланда. Соорудив вал на уровне крепостных стен, и установив на нём орудия, 11 июля русская артиллерия начала обстрел города. 18 июля после недолгой осады русские войска заняли город Дерпт (Тарту).
Русская рать достигала 100 тысяч человек, а ливонская конфедерация на тот момент могла выставить в поле не более 10 000, не считая крепостных гарнизонов. Но как могли защитить в то время крепостные стены и рыцарская броня против тяжёлых осадных орудий?
К осени русские войска взяли 20 городов-крепостей, после чего ушли на зимние квартиры в свои пределы, оставив в городах небольшие гарнизоны.
Этим воспользовался новый энергичный магистр Готард (Готхард) Кетлер (Gotthard Kettler). Собрав 10 000-ю армию, он решил вернуть утраченное. В конце 1558 года Кетлер подступил к крепости Ринген, которую защищал небольшой гарнизон. На помощь осаждённым отправился отряд воеводы Репнина (2 000 человек), но был разбит Кетлером. Однако русский гарнизон продолжал оборону крепости в течении пяти недель и лишь когда у защитников кончился порох, немцы сумели штурмом взять крепость. Весь гарнизон был перебит. Потеряв под Рингеном пятую часть своего войска (2 000 человек) и потратив больше месяца на осаду одной крепости, Кетлер не смог развить свой успех. В конце октября 1558 года его войско отошло к Риге. Эта небольшая победа обернулась для ливонцев большой бедой.
В ответ на действия Ливонии, через два месяца после падения крепости Ринген русскими войсками был проведён зимний рейд, представлявший собой карательную операцию. В январе 1559 года князь-воевода Серебряный во главе войска вошёл в Ливонию. Навстречу ему вышло ливонское войско под командованием рыцаря Фелькинзама. 17 января в битве при Терзене (Тирза) и Цесвайне немцы потерпели полное поражение. Эта победа широко распахнула русским ворота в Ливонию. Они беспрепятственно прошли по земле Ливонии, разоряя её, они захватили 11 городов и дошли до Риги, где на Дюнамюндском рейде сожгли рижский флот. Затем на пути русского войска пролегла Курляндия и, пройдя её, дошли вплоть до прусской границы. В феврале войско вернулось домой с огромной добычей.
После зимнего рейда 1559 года Иван 4 предоставил Ливонии перемирие с марта по ноябрь, не закрепив при этом свой успех. Это был просчёт с его стороны. С марта 1559 года литовские послы настоятельно требовали от Ивана Грозного прекратить военные действия в Ливонии, грозя, в противном случае выступить на стороне Ливонии. Вскоре с просьбами прекратить войну обратились шведские и датские послы. Так же своим вторжением в Ливонию Россия затрагивала торговые интересы ряда европейских государств. Торговля на Балтийском море тогда росла из года в год и вопрос, кто её будет контролировать, был актуален.
Предвидя распад государства, в 1559 году, Сааремаа-Викский епископ и в тоже время Курземский епископ продали свои владения датскому королю.
Во время перемирия, 31 августа и 15 сентября, ливонский магистр Готард Кетлер заключил в Вильно с литовским великим князем Сигизмундам 2 соглашение, по которому земли ордена и владения рижского архиепископа переходили под „клиентелу и протекцию”, то есть под протекторат Великого княжества Литовского.
В начале 1560 года русское войско в третий раз перешло границу Ливонии. 9 февраля была взята крепость Мариенбург(Алуксне). Литовские гарнизоны не принимали участие в боях, хотя и должны были оказать помощь согласно Посвальскому договору. Лишь после того, как ливонцы согласились принять отряды литовцев во все остальные замки, в Ливонию были посланы значительные военные силы.
В мае 1560 года в Ливонию было послано большое русское войско под командованием князя Ивана Фёдоровича Мстиславского. Когда русское войско осадило одну из главных крепостей Ордена – Феллин (Вильянды) на помощь крепости двинулись главные силы Ордена.
Не дожидаясь подхода литовских полков, орденское войско, 2 августа 1260 года у Эргеме (вблизи Валки), начало битву с русскими, но было наголову разбито. В плен попал ландмаршал Фюрстенберг и 11 комтуров. Почти совершенно была разбита не только армия Ливонского ордена, но и два полка архиепископских вассалов. Уничтожение военных сил ордена и архиепископа означало фактически конец существования Ливонской конфедерации.
20 августа сдалась и крепость Феллин.
Русские передовые полки прошли всю Северную Видземе, не встречая сопротивления. Они заняли и сожгли Руйенский, Буртниекский, Розульский, Сигулдский, Нитаурский, Сунтажский и Скуйенский замки. Лишь в Вендене [в русских хрониках Кесь (Цесис)] удалось оказать известное сопротивление.
У магистра ордена Готарда Кетлера не было ни войска, ни денег для найма новых полков ландскнехтов.
В 1561 году дворянство Харьюмаа, Варумаа и Ервы (4 июня) и Ревеля (Таллинн) (6 июня) перешли в подчинение Швеции.
Такое развитие событий противоречило планам польского короля Сигизмунда 2 Августа, который опасался, что шведы могут продвинуться на юг. В конце августа 1561 года в Ригу прибыл его посланник Николай Радзивилла Чёрный с предложениями к магистру ордена и архиепископу. Наиболее важными условиями этой программы были следующие: во-первых, Рига должна была стать королевским городом; во-вторых, Ливония по правому берегу Даугавы должна быть подчинена непосредственному управлению короля. Магистр Кетлер был разочарован этой программой, но орденские братья были за подчинение Сигизмунду II Августу и магистр не мог отказаться. 28 ноября было подписано соглашение о подчинении (Pasta subiectionis).
Договор о подчинении официально был подписан в Риге архиепископом в феврале и магистром ордена в марте 1562 года. 5 марта 1562 года в Большом зале орденского капитула последний магистр Ливонского ордена Готард Кетлер передал символы орденской власти – орденский крест и ключи от замка – уполномоченному польского короля Николаю Радзивиллу Чёрному. Ливонский орден и Ливония прекратили существование.
Договоры о подчинении гарантировали свободы вероисповедования лютеранам и католикам, оставляли в силе прежние ливонские права и привилегии, в особенности привилегии дворянства на право наследования ленных имений. Немецкое управление оставалось в силе. Было обещано, что на высшие должности будут назначаться исключительно немцы.
На левом берегу Даугавы было создано, довольно самостоятельное, Курземско-Земгальское герцогство под властью Готарда Кетлера, на правом берегу Даугавы Задвинское герцогство, под непосредственном управлением короля Польши. Первоначально обязанности администратора исполнял Готард Кетлер, но в 1566 году его заменил великий гетман литовский Ян Ходкович.
В 1569 году, после подписания Люблинской унии было образовано Литовско-Польское государство – Речь Посполитная.
В 1577 году Иван IV с большой армией вторгся в Лифляндию, находившуюся под властью Речи Посполитной и занял Резекне, Лудзу, Даугавпилс, Цесвайне, Калснаву, Кокнесе, Смилтене, Цесис, Рауну и Трикату.
В 1579 году началось наступление на русских одновременно с двух сторон: шведское – в Эстонии в направлении Нарвы и польское – в направлении на Полоцк, Великие Луки и Псков. В то время как шведы заняли Нарву и гавань, поляки достигли Пскова и осадили его, но взять не смогли.
15 января 1582 года в Заполье (близ Пскова) между русским государством и Речью Посполитной был заключён мирный договор сроком на 10 лет. Обе стороны отказались от своих завоеваний. Иван IV отказался от Лифляндии в пользу Речи Посполитной. В мае 1583 года русское государство заключило перемирие и со Швецией на три года, причём за Швецией осталась Северная Эстония и Нарва.
Ливонская война закончилась значительными приобретениями территорий для Швеции, Польши и Дании.
Устройство Задвинского герцогства, или, как его иногда называли, Ливонской провинцией, было определено окончательно лишь после окончания Ливонской войны. В 1582 году польский король Стефан Баторий издал так называемые Ливонские конституции. За ними последовали ещё два важных закона, получивших название Ливонских ординаций (1-1589, 2-1598).
Герцогство было разделено на три уезда – Цесисское, Пярнуское и Тартуское (современные названия), во главе с президентами. Президенты, в свою очередь, подразделялись на 26 округов или староства, во главе со старостой. Староства делились на мызные районы или волости. В конце 16 века президенты были переименованы в воеводства. Прежний ландтаг был переименован в провинциальный конвент или Сеймик. Всех упомянутых должностных лиц назначал король.
На всей территории началось восстановление католической веры. После окончания Ливонской войны Стефан Баторий больше не считался с обещаниями, которые дали дворянству польское правительство и король, в военное время. Он заявил, что Ливония является его военной добычей „без всяких ограничений”, что он может там использовать свои королевские права. Администратором ливонских провинций был назначен 26-ти летний католический епископ виленский Юрий Радзивилл. 
По договору 1561 года о подчинении в Задвинском герцогстве на государственные должности могли назначаться только ливонцы, т.е. немцы. С подписанием мирного договора в Заполье, польское правительство стало назначать на высшие исключительно поляков и литовцев, даже на должности старост редко назначались немцы.
Жизнь же простых людей почти не изменилась. Как немецкие, так и польские бароны беспощадно эксплуатировали крестьян, что даже король упрекал в этом помещиков. На собравшемся в 1583 году Сеймике было зачитано королевское письмо, в котором указывалось, что нигде в мире крестьян так не притесняют и не наказывают, как в Ливонии. Но это ничего не изменило.
В 1585 году в Вильнюсе был отпечатан на латышском языке так называемый катехизис Петра канизия. Этот катехизис является самой старой из известных на сегодня книг на латышском языке.
Не просто складывались отношения и на левом берегу Даугавы, в Курляндско-Земгальском герцогстве. Готард Кетлер стал вассалом польского короля Сигизмунда II Августа. Курляндский герцог обещал, что в случае прекращения рода Кетлеров присоединить герцогство к Польше. 
Положение Кетлера в новом герцогстве были нелёгкими. Курземские и Земгальские дворяне, большая часть которых до этого была членами Ливонского ордена, неохотно признавала его своим государем. Часть из них вообще отказалась принести ему присягу на „верность и повиновение”. Особенно резкое столкновение произошло у Кетлера с прежним добельским комтуром Рекке. Война продолжалась 10 лет. При таком положении герцог был вынужден непрерывно бороться не только за укрепление своей власти, но и за сохранение престола для своего потомства.
Дворяне добились от герцога привилегий для укрепления своих классовых позиций. В 1570 году дворяне заставили Готарда подписать „Привилегию Готарда”. Согласно этой привилегии, все ленные земли, полученные во время государства ордена, превратились в аллоды (частная собственность). Дворяне становились неограниченными господами в своих Вотчинах, так как ни герцог, ни его чиновники отныне не могли вмешиваться во внутренние дела частного имения. За герцогом оставались лишь его собственные имения.
Дворяне были освобождены от таможенных и акцизных сборов. Им предоставлялось право торговли, но важнейшей их привилегий была высшая и низшая судебная власть над крестьянами. Судьба крестьян, его жизнь и имущество, полностью зависели от помещика, выступающего в роли единственного судьи.
Кетлер завещал герцогство своим сыновьям – Фридриху и Вильгельму. Так как они были несовершеннолетними, то герцогством временно управляли советники из знати. В 1596 году герцогство было разделено между обеими братьями, ставшими совершеннолетними. Фридрих получил Земгале с городом Митава (Елгава), а Вильгельм Курземе с городом Кулдига. Единство герцогства поддерживалось существованием общего ландтага и тем, что во время отсутствия одного из герцогов его заменял второй Рига же, с 1562 по 1583 год, оставалась вольным городом и не подчинялась никому. В 1583 году ей пришлось признать власть польского короля.
